조정을 거쳐 취소된 국세에 대해 세무당국이 재산정을 거쳐 다시 부과했더라도 법에서 정한 기한이 지났다면 부당하다는 법원 판단이 나왔다.

20일 법조계에 따르면 서울행정법원 행정4부(부장판사 김정중)는 A씨가 용산세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소청구 소송에서 지난 1월20일 원고 승소로 판결했다.

A씨는 2005년 설립된 주식회사 B의 대표이사로 2009년 12월29일 권면총액 80억원의 신주인수권부사채를 발행했다. 같은 날 주식회사 E가 이를 전부 취득했고, E사는 그 다음 날 신주인수권을 분리해 주식회사 F에 매도 했다.

A씨는 같은 날 F사로부터 권면총액 40억원의 신주인수권을 1억6000만 원에 인수했다. 그는 2012년에 이 신주인수권을 행사해 B사 주식 517만4640주를 취득했고, 같은 해 해당 주식을 팔았다.

A씨는 이 과정에서 186억여원의 증여 이익이 발생했다고 보고 2013년 79억여원의 증여세 등을 신고·납부했다. 세무당국은 이 신고 내역이 적정하다고 통지했다.

이후 A씨는 해당 증여세 부과처분에 불복해 취소 청구 소송을 냈고, 조정을 통해 해당 처분이 취소됐다. A씨는 최종적으로 소를 취하했다.

소송이 종료된 이후 세무당국은 해당 증여세 부과처분이 취소됐으므로 과세표준·세액을 다시 산정해야 한다고 보고, 2020년 1월 A씨에 대해 2012년도 귀속 양도소득세 19억여원을 부과했다. A씨는 불복해 이번 소송을 냈다.

A씨는 세무당국의 양도소득세 재부과는 앞선 처분과는 세목 등 과세단위, 기초적 사실관계가 다르다고 주장했다. 또 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년이 지나면 국세를 부과할 수 없는데, 세무당국이 이미 5년이 더 지난 2012년 귀속 양도소득세를 2020년에 부과해 위법하다고 했다.

반면 세무당국은 국세기본법에서 인정하는 특례제척 사유에 따라 양도소득세를 부과했기 때문에 문제가 없다고 맞섰다. 국세기본법은 기한이 지났더라도 관련 판결이 확정된 후로부터 1년이 지나지 않았다면 경정 등의 처분을 할 수 있다고 규정하고 있다.

재판부는 앞서 진행된 소송이 대법원의 파기환송 판결 등을 거치긴 했으나 A씨가 소를 취하하며 재판이 종료된 것이므로 선행 증여세 부과처분과 관련한 확정판결은 존재하지 않는다고 판단했다.

또 "조세항고소송에서 이뤄지는 조정권고는 법률상 조정이 아닌 사실상 조정에 불과해 '판결과 같은 효력'을 갖는다고 볼 수도 없다"고 했다.

재판부는 이를 볼 때 이 사건 양도소득세부과처분은 국세기본법상 특례제척사유가 인정되지 않아 기한이 지난 처분이라고 보고 해당 처분을 취소해야 한다고 판시했다.