국세청은 기업들의 연구개발 활동을 지원하기 위해 운영 중인 '연구·인력개발비 세액공제 사전심사' 제도 우선 심사 대상에 '신성장·원천기술'을 추가한다고 19일 밝혔다.

국세청은 지난 2020년부터 연구·인력개발비 세액공제 신청 적정성 여부를 전담팀이 사전에 확인해주는 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도를 운영하고 있다.

지난해에는 총 2440개 기업이 사전심사를 신청해 2020년(1547건) 대비 신청 건수가 58% 증가했다. 수출 부진을 겪고 있는 수출중소기업을 지원하기 위해 수출중소기업 등 미래성장 세정지원기업에 대해 우선심사를 실시했다.

올해는 연구개발 활동 지원을 강화하기 위해 '혁신성장유형 벤처기업 확인 목적', '신성장·원천기술' 관련 심사신청을 우선심사 대상에 추가했다.

사전심사는 연구·인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 개인사업자가 신청할 수 있다. 세액공제를 적용 받으려면 신고 전까지 사전심사를 신청하면 된다.

국세청은 사전심사 신청 건에 대해 세법상 연구개발 해당여부와 비용 적정성에 있어 세액공제가 가능한지 여부를 검토한다.

사전신청을 한 연구개발 활동이 조세특례제한법 제2조 제1항의 연구개발에 해당하는지 여부를 판단하고, 신속하고 정확한 심사를 위해 정보통신, 화학, 바이오 등 9개 분야별 전문심사관이 전담해 검토한다.

국세청은 신청인이 지출한 금액이 조세특례제한법 제10조에서 정한 공제대상인지 여부를 확인한다. 이미 지출한 비용뿐 아니라 지출 예정 비용도 사전심사 신청이 가능하다.

사전심사 결과 통보에 앞서 담당자가 신청인에게 심사 내용에 대한 상세한 설명과 보완사항을 안내한다. 올해부터는 신청인이 사전심사 결과를 법인세(소득세) 신고에 제때 반영할 수 있도록 지정 세무대리인에게도 결과를 자동 통보한다.

사전심사는 홈택스, 지방국세청 법인세과·세무서 민원실 등을 통해 언제든지 신청 가능하다. 법인세 신고기한 이전에 미리 신청하면 심사결과를 신고 내용에 신속히 반영하실 수 있다.

심사결과에 따라 법인세를 신고한 경우 신고내용 확인 또는 감면 사후관리 대상에서 제외한다. 이후 심사결과와 다르게 과세처분되더라도 과소신고 가산세를 면제한다.

사전심사와 관련해 자세한 내용은 국세청 누리집(www.nts.go.kr)에 게시된 '사전심사 가이드라인'과 오는 23일 온라인 설명회를 확인하면 된다.

국세청 관계자는 "사전심사 제도를 통해 기업의 세무상 불확실성을 해소하고 연구개발 활동에 대한 지원을 강화하겠다"며 "중소벤처기업부 등 유관기관과 협업하고, 납세자 대상 간담회 등 적극적인 소통을 통해 사전심사 제도를 더욱 발전시켜 나갈 것"이라고 말했다.