정부가 내년부터 대주주 양도소득세 과세대상 기준을 종목당 보유금액 10억원에서 50억원 이상으로 완화한다. 올해 내로 기준을 완화해 내년 양도분부터 적용된다.

기획재정부는 이러한 내용을 담은 '소득세법 시행령' 개정안을 입법예고한다고 21일 밝혔다.

현재 상장주식은 직전 사업연도 종료일 기준으로 종목당 지분율이 1%(코스닥 2%·코넥스 4%)를 넘거나 종목당 10억원 이상을 보유한 자에 대해 과세하고 있다. 과세표준 3억원 이하분은 20%, 3억원 초과분은 25%의 세율로 양도소득세를 과세 중이다.

대주주 양도세 부과 기준은 지난 2000년 종목당 100억원으로 시작됐으나 2013년 50억원, 2016년 25억원, 2018년 15억원으로 점차 낮아졌다. 문재인 정부 때인 2020년 10억원으로 낮아진 기준이 현재까지 유지되고 있다. 연말이 되면 과세대상 기준회피를 위해 주식을 대량 매도해 시장 변동성이 커지는 탓에 기준금액을 상향해야 한다는 주장이 제기돼왔다.

윤석열 정부는 대주주 양도세 기준을 100억원으로 상향하는 방안을 지난해에 추진했으나, 같은 해 12월 여야 합의로 금융투자소득세 연기와 함께 2024년까지 대주주 양도세 기준을 현행대로 유지하기로 합의한 바 있다.

이에 따라 정부는 대주주 양도세 부과 기준 완화와 관련해 '검토한 바 없다', '다양한 의견을 청취 중이다'라고 선을 그어왔으나 야당과 협의 없이 이같이 단독 결정한 것이다.

기재부 관계자는 "연말에 세 부담 때문에 그걸 회피하려고 주식을 파는 현상 있었고 단순히 대주주의 양도세 대상인 그분들한테만 영향 준 게 아니고 전체 시장에 영향 미쳐왔다"며 "양도세 금액 기준에 못 미치는 일반 주식 투자자들한테도 당연히 좋지 않은 영향 줄 수 있어서 그런 부분 고려했다"고 설명했다.

정부는 대주주 기준 완화로 인한 세수감소 규모를 추정하지 못했다. 지난 2021년 상장주식 양도세 신고 인원은 7045명, 양도세는 2조1000억원이다. 전체 양도세 6조8000억원 가운데 상장 주신 관련이 3분의 1만큼 차지하는 셈이다.

다만 10억원 이상 50억원 미만 구간은 공식통계에 잡히지 않아 구체적 세수감 규모는 추정이 곤란하지만 규모가 크지 않을 것이라는 것이 기재부 측의 설명이다.

기재부 관계자는 "50억원 기준으로 하더라도 대부분의 경우 종목당 기준, 지분율 기준이라든지, 그 이상 갖고 있는 분이 훨씬 더 세금 많이 내고 있어서 세수감소 효과 크지 않을 거로 생각된다"고 설명했다.

대주주 기준 완화 절차는 소득세법 시행령 개정 사항이다.

기재부는 오는 22일까지 관계부처 협의를 진행한 뒤 26일 국무회의 등을 거쳐 연내 개정을 완료할 계획이다. 양도세 기준일이 26일인 만큼 이때까지 기준 완화 절차를 마쳐 연말 주식시장 안정을 도모한다는 것이다.

개정안이 국무회의 통과하면 내년 1월1일 이후 양도분부터 적용될 예정이다.

한편 양도세 대주주 기준 완화 당시 야당 협의 사항이었던 금투세 유예와 관련해 기재부 관계자는 "국회에서 논의하는 과정이 있을 거라고 생각한다"며 "그때 국회 논의와 정부 의견 개진을 통해 결정될 것으로 예상한다"고 말했다.

이어 "별도로 시행을 위해서 준비해야하는 건 차질없이 준비할 것"이라고 덧붙였다.